O acervo de pintura antiga do Museu do Abade de Baçal reflete a situação prática de escassez de recursos materiais da sociedade civil, a quase ausência de encomendantes esclarecidos e endinheirados, relegando para alguns prelados e para a hierarquia diocesana a responsabilidade por ações de mecenato artístico, mesmo assim sem caráter contínuo e sistemático, vingando a encomenda casuística necessária a empreendimentos pontuais.

Para meados do século XVI apenas se conhece uma oficina ativa, a do mestre Pedro de França, natural da aldeia homónima no concelho de Murça. Contudo, esta ausência de pintores regionais era suprida por encomendas a outras oficinas do país. É de Pedro de França o tríptico Martírio de Santo Inácio de Antioquia, conjunto retabular de origem desconhecida, mas certamente originário de um convento da diocese transmontana. Deste conjunto de pintura antiga merece destaque ainda a Sagrada Família, de inícios do século XVII, de autoria desconhecida mas certamente de um seguidor de artistas como Diogo Teixeira ou Simão Rodrigues. Ainda do mesmo período destaquemos o óleo sobre madeira Orfeu, atribuído ao pintor flamengo Rolland Jacob Savery, encomenda da Diocese de Miranda do Douro, favorecida pelo florescente comércio marítimo que à época se desenrolava. O teto pintado, dividido em 48 caixotões, presente na Sala da Diocese, possivelmente proveniente da antiga Igreja da Sé bragançana, é também uma obra de destaque, com simbologia relacionada com os jesuítas. Entre as pinturas antigas é possível ainda encontrar obras como o Doutor da Igreja, muito provavelmente pertencente a um conjunto mais alargado; a Anunciação, de meados do século XVIII; o Descanso na Fuga para o Egipto, obra adaptada ao retábulo da capela do antigo Paço Episcopal; ou a série dos Bispos de Bragança, encomenda já do século XIX.

Quanto à pintura moderna, a coleção do Museu do Abade de Baçal apresenta um significativo conjunto de obras, associadas a um ressurgimento, na segunda metade do século XIX do mecenato cultural, em boa parte devido à presença em Portugal de Dom Fernando de Saxe-Cobrugo. Mas a coleção do Museu do Abade de Baçal está em boa medida associada a movimentos como o naturalismo no norte do país, que surgem já no período final do século XIX, de que se destaca de forma evidente a obra Cebolas, de Silva Porto, mas também Praia de Leça, de Marques de Oliveira, ou Medas, do mesmo artista.

Também na área do retrato, e cobrindo um período cronológico mais alargado, a coleção do Museu tem obras de primeira qualidade, das quais se podem enumerar o Retrato de Trindade Coelho, de Columbano Bordalo Pinheiro ou Provocando, de José Malhoa. A pintura no e do feminino é, aliás, uma presença surpreendente nesta coleção, que apresenta obras como Primavera, de Veloso Salgado, À Sombra, de Aurélia de Sousa, para além de um conjunto significativo de obras de Abel Salazar, ou as três pinturas de Sarah Affonso. Do início do Estado Novo é a surpreendente coleção de ilustrações a tinta-da-china, de Almada Negreiros, para a obra Fábulas, de Joaquim Manso, obras que chegaram a Bragança por intervenção, como tantas outras, de Raul Teixeira. Os desenhos apresentados são os estudos originais que vieram a ser utilizados para a impressão da publicação, de 1936.