A exposição permanente do Museu do Abade de Baçal distribui-se por catorze salas que permitem uma leitura da história do nordeste transmontano a partir das coleções que se encontram à sua guarda.

Assim, o enquadramento geral é feito a partir da Sala do Território, que através de elementos etnográficos, históricos e artísticos nos permitem um primeiro contacto com esta área. Aqui podemos observar os forais dos principais povoados transmontanos, a bula papal que marca a criação da Diocese de Miranda do Douro, ou a coleção de aguarelas de Alberto de Sousa que nos apresenta o conjunto dos pelourinhos que marcam de forma indelével o centro de tantos e tantos povoados na nossa região.

A Sala do Abade homenageia os fundadores do Museu, com particular atenção à figura de Francisco Manuel Alves, o Abade de Baçal, e Raúl Teixeira, que com José Furtado Montanha formam o conjunto das personalidades que marcam a origem deste espaço museológico. A Sala da Arqueologia Pré-Romana a e Sala da Romanização transportam-nos aos tempos mais remotos das comunidades humanas, mostrando-nos a forma como evoluíram ao longo de milénios.

O segundo piso do Museu convida-nos desde logo a conhecer a magnífica capela do antigo Paço Episcopal, desdobrando-se posteriormente numa sucessão de salas que nos permitem observar não apenas alguns dos mais importantes legados recebidos pelo Museu ao longo da sua história- em particular o Legado do Coronel Ramires (numismática), o Legado da Família Sá Vargas (destaque para ourivesaria e mobiliário) ou a coleção Cagigal (faiança portuguesa) -, mas principalmente os bens adquiridos em hasta pública aquando da criação do Museu, constituindo uma verdadeira memória patrimonial e artística da Diocese de Bragança – Miranda.

As últimas salas da visita ao Museu apresentam-nos as coleções de pintura. Reunidas em boa medida por intervenção de Raúl Teixeira, constituem uma das mais significativas amostras da pintura naturalista em Portugal, com obras de Silva Porto ou Marques de Oliveira, mas também com a presença de obras de artistas tão significativos como Veloso Salgado, Aurélia de Sousa, José Malhoa ou Sarah Affonso. Destaque também para uma muito significativa coleção de pintura de Abel Salazar, e para terminar, as magníficas ilustrações de Almada Negreiros para as obras Fábulas e O Pórtico e a Nave, de Joaquim Manso.